淮安府衙占地总面积近2万平方米,三百余间房室。内部房屋历代毁建和用途多有变化,现根据清末情况简述如下。大门面南临街,前有七丈长的照壁,东西有牌楼,极为闳壮。西牌楼在府市口,东牌楼在报恩寺(今电影院)前,各四柱,金丝楠木制成。石础径可六尺,柱高二丈余,矗立云表。东牌楼曰“长淮重镇”,西牌楼曰“表海名邦”。毁于清末。整个建筑九分中东西三路,中路为正房,除大门、二门外,有大堂、二堂两进。再往内为官宅之门,入门为上房,为知府等人住宅。上房后有楼,亦曰镇淮楼。大堂为知府处理公务之处,东西长七间26米,南北宽五间,深长18.5米,脊高10米,高大雄伟,气势恢宏。堂前大院,东西为六科办公用房:东为吏科、礼科、户科,西为兵科、刑科、工科。
大堂北为二堂,两堂之间有一座三槐台(一说三槐台在府衙内别外),建自明朝嘉靖年间,用以镇压淮河水患。二堂为知府处理日常事务之所,东西5间,长22米,南北阔3间,长11米,脊高8.5米。二堂为上房官宅,即知府等生活起居之处,类似故宫前三殿、后三殿之意,也是封建官衙的通常格局。
西路为捕厅署,亦有大门、二门、大堂、二堂、上房几进。东路为迎宾、游之所。从官厅进入,就可见到藤花厅。厅东有一四合大院,为寅宾馆。北边正堂名“宝翰堂”, 藤花厅后为厨房,厨房工为四桂堂,当为馔堂。
淮安府衙是江苏省唯一保存较为完好的府衙,拥有国内现存古代衙署建筑中体量之最。